The Last Samurai bercerita tentang penemuan jati diri dan kebenaran yang terpendam dalam diri seorang mantan Kapten Nathan Algren (Tom Cruise) semasa Restorasi Meiji.

Di tengah usaha kekaisaran jepang dalam memodernkan angkatan perangnya, ada beberapa panglima perang jepang konservatif yang menentangnya. Para panglima inilah yang kemudian oleh perdana menteri diperangi untuk ditumpas. Dengan bantuan batalyon asing dari Amerika, pihak Jepang menekan dan mendesak para panglima dan pengikutnya untuk menyerah.

Dalam suatu pertempuran, salah satu kapten Amerika yaitu Kapten Nathan Algren (Tom Cruise), veteran perang yang disewa sebagai penasehat militer untuk bertugas melatih Imperial Army, tertangkap dan menjadi tawanan salah satu panglima jepang konservatif. Dari sinilah sang mantan kapten ini mengetahui bahwa perjuangan para panglima konservatif dan para samurai ini adalah perjuangan yang mulia untuk mempertahankan supremasi tahta sang kaisar, namun karena hasutan sang perdana menteri membuat kaisar menganggap para panglima ini memberontak atas tahtanya. Di sana Nathan yang dikejar-kejar rasa bersalah atas tindakan masa lalunya menemukan tempat berteduh dan tujuan hidup baru. Secara bertahap ia mengikuti cara hidup samurai yang disiplin dan murni. Sampai pada akhirnya memutuskan untuk berganti sisi dan berpihak pada samurai.

Prince Albert (Colin Firth) memang tak pernah berharap menjadi raja Inggris. Ia tahu benar keterbatasan yang ia miliki. Tak mungkin ia memimpin sebuah negara sebesar Inggris sementara berbicara di depan umum saja sudah jadi perjuangan berat buatnya. Celakanya takdir berkata lain dan Albert harus segera naik tahta.

Sepeninggal Raja George V (Michael Gambon), Prince Edward (Guy Pearce) yang seharusnya naik tahta namun karena Edward lebih memilih melepas tahta dan menikahi Wallis Simpson (Eve Best), tak ada pilihan lain buat Albert selain mengambil alih tampuk kekuasaan. Albert tahu kalau ini bukan urusan mudah, apalagi Perang Dunia II sudah di depan pintu. Ia harus mampu mengatasi kekurangannya.

Diangkat dari kisah nyata, seorang militer, Kolonel Claus von Stauffenberg (Tom Cruise), perwira yang setia melayani negerinya disaat ia mengharapkan seseorang menemukan cara menghentikan Hitler sebelum Eropa dan Jerman dihancurkan.

Dia sadar bahwa waktu tidak banyak tersisa, ia memutuskan untuk bergerak sendirian dan bergabung bersama pasukan Jerman. Bersenjatakan sebuah strategi menggunakan strategi milik Hitler – dikenal sebagai Operasi Valkyrie – para perwira ini berencana untuk membunuh diktator dan pemerintahan Nazi dari dalam.

Masa depan dunia dan nasib jutaan rakyat termasuk istri dan anak-anaknya, Von Stauffenberg, satu dari berjuta orang yang mencoba melawan Hitler menjadi satu-satunya orang yang harus membunuh Hitler.